Le rat noir (Rattus rattus), présent au sud du Sénégal depuis le 15e siècle, s'est étendu plus récemment vers l'est, avec une installation à Kédougou à la fin du XXème siècle. Il régresse actuellement dans l'ouest du pays où la souris domestique (Mus musculus) gagne en importance. Dans ce contexte, un état des lieux des distributions des petits mammifères commensaux dans la moitié sud du pays a été effectué en 2012-2015.

Près de 3200 micromammifères ont été capturés, incluant souris et rats (30 et 25 %), mais aussi musaraignes (18 %) et 10 autres espèces de rongeurs natifs. Dix types de pièces ont été échantillonnés, principalement des chambres et des pièces de stockage. L'habitat a été décrit : présence de stocks alimentaires, nature des sols, murs et plafonds.

Des analyses au niveau des 11 secteurs géographiques étudiés montrent l'originalité de la région de Kédougou (10 % de Mastomys natalensis, espèce présente uniquement dans cette région) et de la Petite-Côte où domine largement la souris. Les assemblages des autres secteurs sont souvent dominés par le rat et les musaraignes, en particulier en Casamance et dans le Boundou. A cette échelle, les souris sont plutôt associées aux cuisines et aux cours alors que les rats sont généralement dans des types de pièces plus variés. Des analyses à l'échelle des localités, villes et villages, précisent ces descriptions et introduisent une discussion sur l'évolution du front d'invasion de la souris en fonction de la régression du rat et des habitats disponibles.